El enterovirus humano 71 (EV71) pertenece a la familia Picornaviridae. El genoma es un ARN monocatenario de cadena positiva con una longitud de aproximadamente 7400 nucleótidos y un solo marco de lectura abierto. La poliproteína codificada contiene alrededor de 2190 aminoácidos. Esta poliproteína se puede hidrolizar aún más a proteínas precursoras P1, P2 y P3. La proteína precursora P1 codifica las proteínas estructurales VP1, VP2, VP3 y VP4; P2 y P3 codifican 7 proteínas no estructurales (2A~2C y 3A~3D). En estas 4 proteínas estructurales, excepto la VP4 que está incrustada en el lado interno de la cápside viral y estrechamente unida al núcleo, otras 3 proteínas estructurales están expuestas en la superficie de las partículas del virus. Por tanto, los determinantes antigénicos se localizan básicamente en VP1~VP3.