انسانی انٹرو وائرس 71 (EV71) کا تعلق Picornaviridae خاندان سے ہے۔ جینوم ایک واحد پھنسے ہوئے مثبت پھنسے ہوئے آر این اے ہے جس کی لمبائی تقریباً 7400 نیوکلیوٹائڈز اور صرف ایک کھلا ریڈنگ فریم ہے۔ انکوڈ شدہ پولی پروٹین میں تقریباً 2190 امینو ایسڈ ہوتے ہیں۔ اس پولی پروٹین کو P1، P2 اور P3 پیشگی پروٹین میں مزید ہائیڈولائز کیا جا سکتا ہے۔ P1 پیشگی پروٹین کوڈ ساختی پروٹین VP1، VP2، VP3 اور VP4؛ P2 اور P3 کوڈ 7 غیر ساختی پروٹین (2A~2C اور 3A~3D)۔ ان 4 ساختی پروٹینوں میں، VP4 کے علاوہ جو وائرل کیپسڈ کے اندرونی حصے میں سرایت کرتے ہیں اور کور کے ساتھ قریب سے جڑے ہوتے ہیں، دیگر 3 ساختی پروٹین تمام وائرس کے ذرات کی سطح پر ظاہر ہوتے ہیں۔ اس طرح، antigenic determinants بنیادی طور پر VP1~VP3 پر واقع ہیں۔