Энтеровирус человека 71 (EV71) принадлежит к семейству Picornaviridae. Геном представляет собой одноцепочечную позитивную РНК длиной около 7400 нуклеотидов и только с одной открытой рамкой считывания. Кодируемый полипротеин содержит около 2190 аминокислот. Этот полипротеин может быть дополнительно гидролизован до белков-предшественников P1, P2 и P3. Белок-предшественник P1 кодирует структурные белки VP1, VP2, VP3 и VP4; P2 и P3 кодируют 7 неструктурных белков (2A~2C и 3A~3D). В этих четырех структурных белках, за исключением VP4, который встроен во внутреннюю сторону вирусного капсида и тесно связан с ядром, все остальные три структурных белка находятся на поверхности вирусных частиц. Таким образом, антигенные детерминанты в основном расположены на VP1~VP3.