Human Enterovirus 71 (EV71) behoort tot de familie Picornaviridae. Het genoom is een enkelstrengs positief gestrand RNA met een lengte van ongeveer 7400 nucleotiden en slechts één open leeskader. Het gecodeerde polyproteïne bevat ongeveer 2190 aminozuren. Dit polyproteïne kan verder worden gehydrolyseerd tot P1-, P2- en P3 -voorloper -eiwitten. P1 voorloperseiwitcodes Structurele eiwitten VP1, VP2, VP3 en VP4; P2 en P3 Code 7 niet -structurele eiwitten (2a ~ 2c en 3a ~ 3D). In deze 4 structurele eiwitten, behalve VP4 die is ingebed in de binnenkant van virale capside en nauw verbonden is met de kern, worden andere 3 structurele eiwitten allemaal blootgesteld aan het oppervlak van virusdeeltjes. Aldus bevinden antigene determinanten zich in principe op VP1 ~ VP3.