Het humane enterovirus 71 (EV71) behoort tot de familie Picornaviridae. Het genoom is een enkelstrengs positief RNA met een lengte van ongeveer 7400 nucleotiden en slechts één open leesraam. Het gecodeerde polyproteïne bevat ongeveer 2190 aminozuren. Dit polyproteïne kan verder gehydrolyseerd worden tot de precursorproteïnen P1, P2 en P3. Precursorproteïne P1 codeert voor de structurele eiwitten VP1, VP2, VP3 en VP4; P2 en P3 coderen voor 7 niet-structurele eiwitten (2A~2C en 3A~3D). Van deze 4 structurele eiwitten, met uitzondering van VP4 dat ingebed is in de binnenzijde van de virale capside en nauw verbonden is met de kern, bevinden de andere 3 structurele eiwitten zich aan het oppervlak van de virusdeeltjes. De antigene determinanten bevinden zich dus voornamelijk op VP1~VP3.