Human Enterovirus 71 (EV71) Picornaviridae परिवारसँग सम्बन्धित छ। जीनोम लगभग 7400 न्यूक्लियोटाइडको लम्बाइ र एक मात्र खुला पढ्ने फ्रेम भएको एकल-स्ट्र्यान्ड सकारात्मक स्ट्रेन्डेड आरएनए हो। एन्कोड गरिएको पोलीप्रोटिनमा लगभग 2190 एमिनो एसिडहरू हुन्छन्। यो पोलीप्रोटिनलाई P1, P2 र P3 पूर्ववर्ती प्रोटीनहरूमा थप हाइड्रोलाइज गर्न सकिन्छ। P1 अग्रसर प्रोटीन कोडहरू संरचनात्मक प्रोटीनहरू VP1, VP2, VP3 र VP4; P2 र P3 कोड 7 गैर संरचनात्मक प्रोटीन (2A~2C र 3A~3D)। यी ४ संरचनात्मक प्रोटीनहरूमा, VP4 बाहेक जुन भाइरल क्याप्सिडको भित्री भागमा इम्बेड गरिएको छ र कोरसँग नजिकबाट जोडिएको छ, अन्य 3 संरचनात्मक प्रोटीनहरू सबै भाइरस कणहरूको सतहमा पर्दाफास हुन्छन्। यसरी, एन्टिजेनिक निर्धारकहरू मूल रूपमा VP1 ~ VP3 मा अवस्थित छन्।