Manusia Enterovirus 71 (EV71) tergolong dalam keluarga Picornaviridae. Genom ini adalah RNA terkandas positif tunggal dengan panjang kira-kira 7400 nukleotida dan hanya satu bingkai bacaan terbuka. Polyprotein yang dikodkan mengandungi kira -kira 2190 asid amino. Poliprotein ini boleh dihidrolisiskan lagi kepada protein prekursor P1, P2 dan P3. P1 Protein Protein Kod Protein Struktur VP1, VP2, VP3 dan VP4; P2 dan P3 kod 7 protein nonstruktural (2A ~ 2C dan 3A ~ 3D). Dalam 4 protein struktur ini, kecuali VP4 yang tertanam di bahagian dalam kapsid virus dan rapat dengan teras, 3 protein struktur lain semuanya terdedah pada permukaan zarah virus. Oleh itu, penentu antigen pada dasarnya terletak pada VP1 ~ VP3.