Enterovirus manusia 71 (EV71) tergolong dalam keluarga Picornaviridae. Genom ini merupakan RNA untai positif untai tunggal dengan panjang kira-kira 7400 nukleotida dan hanya satu bingkai bacaan terbuka. Poliprotein yang dikodkan mengandungi kira-kira 2190 asid amino. Poliprotein ini boleh dihidrolisiskan lagi kepada protein prekursor P1, P2 dan P3. Protein prekursor P1 mengkodekan protein struktur VP1, VP2, VP3 dan VP4; P2 dan P3 mengkodekan 7 protein bukan struktur (2A~2C dan 3A~3D). Dalam 4 protein struktur ini, kecuali VP4 yang terbenam di bahagian dalam kapsid virus dan berkait rapat dengan teras, 3 protein struktur lain semuanya terdedah pada permukaan zarah virus. Oleh itu, penentu antigen pada asasnya terletak pada VP1~VP3.