糞便中のカルプロテクチン濃度の測定は、炎症の信頼できる指標と考えられており、多くの研究で、炎症性腸疾患（IBD）患者では糞便中のカルプロテクチン濃度が著しく上昇する一方で、過敏性腸症候群（IBS）患者ではカルプロテクチン濃度の上昇が見られないことが示されている。このような濃度上昇は、内視鏡検査および組織学的検査による疾患活動性の評価と良好な相関関係を示すことが明らかになっている。

NHS（英国国民保健サービス）のエビデンスに基づく購買センターは、カルプロテクチン検査とその過敏性腸症候群（IBS）と炎症性腸疾患（IBD）の鑑別における利用について、複数のレビューを実施してきました。これらの報告書は、カルプロテクチン検査を用いることで患者管理の改善が図られ、大幅なコスト削減につながると結論付けています。

便中カルプロテクチンは、過敏性腸症候群（IBS）と炎症性腸疾患（IBD）を鑑別するのに役立ちます。また、IBD患者における治療効果の評価や、症状悪化のリスク予測にも用いられます。

子供は大人よりもカルプロテクチン値がやや高い場合が多い。

したがって、早期診断のためにはカルシウム検出を行う必要がある。