Il coronavirus 2 della sindrome respiratoria acuta grave (SARS-CoV-2), l'agente patogeno responsabile della più recente pandemia di malattia da coronavirus 2019 (COVID-19), è un virus a RNA a singolo filamento a polarità positiva con un genoma di circa 30 kb. Nel corso della pandemia sono emerse numerose varianti di SARS-CoV-2 con profili mutazionali distinti. A seconda del profilo mutazionale della proteina spike, alcune varianti hanno mostrato una maggiore trasmissibilità, infettività e virulenza.

Il lignaggio BA.2.86 del SARS-CoV-2, identificato per la prima volta nell'agosto 2023, è filogeneticamente distinto dai lignaggi Omicron XBB attualmente in circolazione, tra cui EG.5.1 e HK.3. Il lignaggio BA.2.86 presenta più di 30 mutazioni nella proteina spike, il che indica un'elevata capacità di eludere l'immunità preesistente contro il SARS-CoV-2.

Il JN.1 (BA.2.86.1.1) è la variante più recente di SARS-CoV-2 emersa di recente, discendente dal lignaggio BA.2.86. Il JN.1 contiene una mutazione caratteristica L455S nella proteina spike e altre tre mutazioni nelle proteine ​​non spike. Studi che hanno indagato HK.3 e altre varianti “FLip” hanno dimostrato che l’acquisizione della mutazione L455F nella proteina spike è associata a una maggiore trasmissibilità virale e capacità di elusione immunitaria. Le mutazioni L455F e F456L sono soprannominate “Capovolgi”mutazioni perché scambiano la posizione di due amminoacidi, etichettati F e L, sulla proteina spike.

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