Sindrome respiratoria acuta grave coronavirus 2 (SARS-COV-2), il patogeno causale della più recente pandemia della malattia del coronavirus 2019 (Covid-19), è un virus dell'RNA a singolo filamento di circa 30 kb con una dimensione del genoma di circa 30 kb . Molte varianti di SARS-CoV-2 con distinte firme mutazionali sono emerse in tutta la pandemia. A seconda del loro paesaggio mutazionale proteico di picco, alcune varianti hanno mostrato maggiore trasmissibilità, infettività e virulenza.

Il lignaggio BA.2.86 di SARS-CoV-2, identificato per la prima volta nell'agosto 2023, è filogeneticamente distinto dai lignaggi di Omicron XBB attualmente circolanti, tra cui EG.5.1 e HK.3. Il lignaggio BA.2.86 contiene più di 30 mutazioni nella proteina Spike, indicando che questo lignaggio è altamente capace di eludere l'immunità preesistente anti-Sars-Cov-2.

Jn.1 (BA.2.86.1.1) è la variante emersa più recentemente di SARS-CoV-2 che discendeva dal lignaggio BA.2.86. Il Jn.1 contiene una mutazione caratteristica L455s nella proteina Spike e altre tre mutazioni nelle proteine ​​non-camere. Studi che studiano HK.3 e altre varianti di "flip" hanno dimostrato che l'acquisizione di mutazione L455F nella proteina del picco è associata ad una maggiore trasmissibilità virale e capacità di evasione immunitaria. Le mutazioni L455F e F456L sono soprannominate "Flip "Mutazioni perché cambiano le posizioni di due aminoacidi, etichettati F e L, sulla proteina Spike.

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