La sindrome respiratoria acuta grave coronavirus 2 (SARS-CoV-2), l'agente patogeno della più recente pandemia di malattia da coronavirus 2019 (COVID-19), è un virus RNA a filamento singolo con senso positivo con una dimensione del genoma di circa 30 kb . Molte varianti di SARS-CoV-2 con firme mutazionali distinte sono emerse durante la pandemia. A seconda del panorama mutazionale delle proteine ​​​​spike, alcune varianti hanno mostrato maggiore trasmissibilità, infettività e virulenza.

Il lignaggio BA.2.86 di SARS-CoV-2, identificato per la prima volta nell'agosto 2023, è filogeneticamente distinto dai lignaggi Omicron XBB attualmente circolanti, inclusi EG.5.1 e HK.3. La stirpe BA.2.86 contiene più di 30 mutazioni nella proteina della punta, indicando che questa stirpe è altamente capace di eludere l'immunità anti-SARS-CoV-2 preesistente.

La JN.1 (BA.2.86.1.1) è la variante emersa più recentemente di SARS-CoV-2 che discende dal lignaggio BA.2.86. Il JN.1 contiene una mutazione caratteristica L455S nella proteina spike e altre tre mutazioni nelle proteine ​​non-spike. Gli studi che hanno indagato HK.3 e altre varianti “FLip” hanno dimostrato che l’acquisizione della mutazione L455F nella proteina spike è associata ad una maggiore trasmissibilità virale e alla capacità di evasione immunitaria. Le mutazioni L455F e F456L sono soprannominate “Capovolgi”mutazioni perché scambiano le posizioni di due amminoacidi, etichettati F e L, sulla proteina spike.

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