Il coronavirus 2 della sindrome respiratoria acuta grave (SARS-CoV-2), l'agente patogeno responsabile della più recente pandemia di coronavirus 2019 (COVID-19), è un virus a RNA a singolo filamento con polarizzazione positiva e un genoma di circa 30 kb. Durante la pandemia sono emerse numerose varianti di SARS-CoV-2 con firme mutazionali distinte. A seconda del loro profilo mutazionale della proteina spike, alcune varianti hanno mostrato maggiore trasmissibilità, infettività e virulenza.

Il lignaggio BA.2.86 del SARS-CoV-2, identificato per la prima volta nell'agosto 2023, è filogeneticamente distinto dai lignaggio Omicron XBB attualmente circolanti, tra cui EG.5.1 e HK.3. Il lignaggio BA.2.86 contiene oltre 30 mutazioni nella proteina spike, il che indica che questo lignaggio è altamente capace di eludere l'immunità anti-SARS-CoV-2 preesistente.

La variante JN.1 (BA.2.86.1.1) è la variante di SARS-CoV-2 emersa più di recente, discendente dal ceppo BA.2.86. La JN.1 contiene una mutazione distintiva, L455S, nella proteina spike e altre tre mutazioni nelle proteine non spike. Studi che hanno indagato HK.3 e altre varianti "FLip" hanno dimostrato che l'acquisizione della mutazione L455F nella proteina spike è associata a una maggiore trasmissibilità virale e capacità di elusione immunitaria. Le mutazioni L455F e F456L sono soprannominate "Capovolgere”mutazioni perché invertono la posizione di due amminoacidi, etichettati F e L, sulla proteina spike.

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