Enterovirus manusia 71 (EV71) termasuk dalam famili Picornaviridae. Genomnya berupa RNA untai tunggal positif dengan panjang sekitar 7400 nukleotida dan hanya satu kerangka baca terbuka. Poliprotein yang dikode mengandung sekitar 2190 asam amino. Poliprotein ini dapat dihidrolisis lebih lanjut menjadi protein prekursor P1, P2, dan P3. Protein prekursor P1 mengkode protein struktural VP1, VP2, VP3, dan VP4; P2 dan P3 mengkode 7 protein nonstruktural (2A~2C dan 3A~3D). Pada keempat protein struktural ini, kecuali VP4 yang tertanam di sisi dalam kapsid virus dan terkait erat dengan inti, ketiga protein struktural lainnya terekspos pada permukaan partikel virus. Dengan demikian, determinan antigenik pada dasarnya terletak pada VP1~VP3.