Human Enterovirus 71 (EV71) milik keluarga Picornaviridae. Genom adalah RNA untai positif untai tunggal dengan panjang sekitar 7400 nukleotida dan hanya satu kerangka pembacaan terbuka. Poliprotein yang dikodekan mengandung sekitar 2190 asam amino. Poliprotein ini dapat dihidrolisis lebih lanjut menjadi protein prekursor P1, P2 dan P3. Prekursor Prekursor Protein Protein Struktural VP1, VP2, VP3 dan VP4; Kode P2 dan P3 7 protein nonstruktural (2a ~ 2c dan 3a ~ 3d). Dalam 4 protein struktural ini, kecuali VP4 yang tertanam di sisi dalam dari kapsid virus dan terkait erat dengan inti, 3 protein struktural lainnya semuanya terpapar pada permukaan partikel virus. Dengan demikian, penentu antigenik pada dasarnya terletak di VP1 ~ VP3.