मानव एंटरोवायरस 71 (ईवी71) पिकोर्नविरिडे परिवार से संबंधित है। जीनोम एक एकल-फंसे हुए सकारात्मक फंसे हुए आरएनए है जिसकी लंबाई लगभग 7400 न्यूक्लियोटाइड और केवल एक खुला रीडिंग फ्रेम है। एन्कोडेड पॉलीप्रोटीन में लगभग 2190 अमीनो एसिड होते हैं। इस पॉलीप्रोटीन को आगे पी1, पी2 और पी3 अग्रदूत प्रोटीन में हाइड्रोलाइज किया जा सकता है। P1 अग्रदूत प्रोटीन संरचनात्मक प्रोटीन VP1, VP2, VP3 और VP4 को कोड करता है; P2 और P3 7 गैर-संरचनात्मक प्रोटीन (2A~2C और 3A~3D) को कोड करते हैं। इन 4 संरचनात्मक प्रोटीनों में, VP4 को छोड़कर जो वायरल कैप्सिड के अंदरूनी हिस्से में अंतर्निहित है और कोर के साथ निकटता से जुड़ा हुआ है, अन्य 3 संरचनात्मक प्रोटीन सभी वायरस कणों की सतह पर उजागर होते हैं। इस प्रकार, एंटीजेनिक निर्धारक मूल रूप से VP1~VP3 पर स्थित होते हैं।