मानव एंटरोवायरस 71 (EV71) पिकोर्नाविरिडे परिवार से संबंधित है। इसका जीनोम एकल-रज्जुकीय धनात्मक रज्जुकीय आरएनए है जिसकी लंबाई लगभग 7400 न्यूक्लियोटाइड और केवल एक खुला पठन फ्रेम है। इस कोडित पॉलीप्रोटीन में लगभग 2190 अमीनो अम्ल होते हैं। इस पॉलीप्रोटीन को आगे हाइड्रोलाइज़ करके P1, P2 और P3 प्रीकर्सर प्रोटीन बनाया जा सकता है। P1 प्रीकर्सर प्रोटीन संरचनात्मक प्रोटीन VP1, VP2, VP3 और VP4 को कोड करता है; P2 और P3 7 गैर-संरचनात्मक प्रोटीन (2A~2C और 3A~3D) को कोड करते हैं। इन 4 संरचनात्मक प्रोटीनों में, VP4 को छोड़कर, जो वायरल कैप्सिड के भीतरी भाग में स्थित होता है और कोर से निकटता से जुड़ा होता है, अन्य 3 संरचनात्मक प्रोटीन वायरस कणों की सतह पर उजागर होते हैं। इस प्रकार, प्रतिजनी निर्धारक मूलतः VP1~VP3 पर स्थित होते हैं।