ह्यूमन एंटरोवायरस 71 (EV71) परिवार के पिकोर्नविरिडे से संबंधित है। जीनोम एक एकल-फंसे हुए सकारात्मक फंसे हुए आरएनए है जिसमें लगभग 7400 न्यूक्लियोटाइड्स की लंबाई और केवल एक ओपन रीडिंग फ्रेम है। एन्कोडेड पॉलीप्रोटीन में लगभग 2190 एमिनो एसिड होते हैं। इस पॉलीप्रोटीन को आगे P1, P2 और P3 अग्रदूत प्रोटीन के लिए हाइड्रोलाइज्ड किया जा सकता है। P1 अग्रदूत प्रोटीन कोड संरचनात्मक प्रोटीन VP1, VP2, VP3 और VP4; पी 2 और पी 3 कोड 7 नॉनस्ट्रक्चरल प्रोटीन (2 ए ~ 2 सी और 3 ए ~ 3 डी)। इन 4 संरचनात्मक प्रोटीनों में, VP4 को छोड़कर, जो वायरल कैप्सिड के आंतरिक पक्ष में एम्बेडेड है और कोर के साथ निकटता से जुड़ा हुआ है, अन्य 3 संरचनात्मक प्रोटीन सभी वायरस कणों की सतह पर उजागर होते हैं। इस प्रकार, एंटीजेनिक निर्धारक मूल रूप से VP1 ~ VP3 पर स्थित हैं।