मानव एंटरोवायरस 71 (EV71) पिकोरनाविरीडे परिवार से संबंधित है। इसका जीनोम एक एकल-स्ट्रैंडेड धनात्मक-स्ट्रैंडेड RNA है जिसकी लंबाई लगभग 7400 न्यूक्लियोटाइड है और इसमें केवल एक ओपन रीडिंग फ्रेम है। इसमें मौजूद पॉलीप्रोटीन में लगभग 2190 अमीनो अम्ल होते हैं। इस पॉलीप्रोटीन को आगे हाइड्रोलाइज़ करके P1, P2 और P3 पूर्ववर्ती प्रोटीन बनाए जा सकते हैं। P1 पूर्ववर्ती प्रोटीन संरचनात्मक प्रोटीन VP1, VP2, VP3 और VP4 को कोड करता है; P2 और P3 7 गैर-संरचनात्मक प्रोटीन (2A~2C और 3A~3D) को कोड करते हैं। इन 4 संरचनात्मक प्रोटीनों में से, VP4 को छोड़कर, जो वायरल कैप्सिड के भीतरी भाग में स्थित होता है और कोर से निकटता से जुड़ा होता है, अन्य 3 संरचनात्मक प्रोटीन वायरस कणों की सतह पर मौजूद होते हैं। इस प्रकार, प्रतिजीनी निर्धारक मूल रूप से VP1~VP3 पर स्थित होते हैं।