માનવ એન્ટોવાયરસ 71 (EV71) પિકોર્નાવિરિડે પરિવારનો છે. જીનોમ એક સિંગલ-સ્ટ્રેન્ડેડ પોઝિટિવ સ્ટ્રેન્ડેડ RNA છે જેની લંબાઈ લગભગ 7400 ન્યુક્લિયોટાઇડ્સ છે અને ફક્ત એક જ ખુલ્લી વાંચન ફ્રેમ છે. એન્કોડેડ પોલીપ્રોટીન લગભગ 2190 એમિનો એસિડ ધરાવે છે. આ પોલીપ્રોટીનનું P1, P2 અને P3 પ્રિકર્સર પ્રોટીનમાં વધુ હાઇડ્રોલાઇઝેશન થઈ શકે છે. P1 પ્રિકર્સર પ્રોટીન માળખાકીય પ્રોટીન VP1, VP2, VP3 અને VP4 ને કોડ કરે છે; P2 અને P3 કોડ 7 નોનસ્ટ્રક્ચરલ પ્રોટીન (2A~2C અને 3A~3D). આ 4 માળખાકીય પ્રોટીનમાં, VP4 સિવાય જે વાયરલ કેપ્સિડની અંદરના ભાગમાં જડિત છે અને કોર સાથે ગાઢ રીતે જોડાયેલ છે, અન્ય 3 માળખાકીય પ્રોટીન બધા વાયરસ કણોની સપાટી પર ખુલ્લા હોય છે. આમ, એન્ટિજેનિક નિર્ણાયકો મૂળભૂત રીતે VP1~VP3 પર સ્થિત છે.