Le coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SRAS-CoV-2), agent pathogène responsable de la dernière pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), est un virus à ARN simple brin de polarité positive dont le génome mesure environ 30 kb. De nombreux variants du SRAS-CoV-2, présentant des signatures mutationnelles distinctes, sont apparus tout au long de la pandémie. Selon le profil mutationnel de leur protéine de spicule, certains variants ont montré une transmissibilité, une infectiosité et une virulence plus élevées.

La lignée BA.2.86 du SARS-CoV-2, identifiée pour la première fois en août 2023, est phylogénétiquement distincte des lignées XBB d'Omicron actuellement en circulation, notamment EG.5.1 et HK.3. La lignée BA.2.86 contient plus de 30 mutations de la protéine Spike, ce qui indique qu'elle est hautement capable d'échapper à l'immunité anti-SARS-CoV-2 préexistante.

Le variant JN.1 (BA.2.86.1.1) est le variant le plus récent du SARS-CoV-2, issu de la lignée BA.2.86. Il présente une mutation caractéristique, L455S, de la protéine Spike et trois autres mutations des protéines non Spike. Des études portant sur HK.3 et d'autres variants « FLip » ont montré que l'acquisition de la mutation L455F de la protéine Spike est associée à une transmissibilité virale et une capacité d'évasion immunitaire accrues. Les mutations L455F et F456L sont surnommées «Retourner"mutations car elles inversent les positions de deux acides aminés, étiquetés F et L, sur la protéine de pointe.

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