Le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), l'agent pathogène responsable de la plus récente pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), est un virus à ARN simple brin de sens positif avec une taille de génome d'environ 30 kb. . De nombreuses variantes du SRAS-CoV-2 présentant des signatures mutationnelles distinctes sont apparues tout au long de la pandémie. En fonction de leur paysage mutationnel de protéine de pointe, certaines variantes ont montré une transmissibilité, une infectivité et une virulence plus élevées.

La lignée BA.2.86 du SRAS-CoV-2, identifiée pour la première fois en août 2023, est phylogénétiquement distincte des lignées Omicron XBB actuellement en circulation, notamment EG.5.1 et HK.3. La lignée BA.2.86 contient plus de 30 mutations dans la protéine de pointe, ce qui indique que cette lignée est hautement capable d'échapper à l'immunité préexistante anti-SARS-CoV-2.

Le JN.1 (BA.2.86.1.1) est la variante la plus récemment apparue du SRAS-CoV-2 qui descend de la lignée BA.2.86. Le JN.1 contient une mutation caractéristique L455S dans la protéine de pointe et trois autres mutations dans les protéines sans pointe. Des études portant sur HK.3 et d’autres variantes « FLip » ont montré que l’acquisition de la mutation L455F dans la protéine de pointe est associée à une transmissibilité virale accrue et à une capacité d’évasion immunitaire. Les mutations L455F et F456L sont surnommées «Retourner"mutations car elles changent les positions de deux acides aminés, étiquetés F et L, sur la protéine de pointe.

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