Syndrome respiratoire aigu sévère coronavirus 2 (SARS-COV-2), l'agent pathogène causal de la pandémie de maladie du coronavirus la plus récente 2019 (Covid-19), est un virus d'ARN à sens simple à sens positif avec une taille de génome d'environ 30 kbb . De nombreuses variantes de SRAS-COV-2 avec des signatures mutationnelles distinctes ont émergé dans toute la pandémie. Selon leur paysage mutationnel de la protéine de pointe, certaines variantes ont montré une transmissibilité, une infectivité et une virulence plus élevées.

La lignée BA.2.86 de SARS-COV-2, qui a été identifiée pour la première fois en août 2023, est phylogénétiquement distincte des lignées omicron XBB actuellement circulantes, y compris par exemple 5.1.1 et HK.3. La lignée BA.2.86 contient plus de 30 mutations dans la protéine de pointe, indiquant que cette lignée est très capable d'échapper à l'immunité anti-SAR-COV-2 préexistante.

Le JN.1 (BA.2.86.1.1) est la variante la plus récente de SARS-CoV-2 qui est issue de la lignée BA.2.86. Le Jn.1 contient une mutation caractéristique L455 dans la protéine de pointe et trois autres mutations dans les protéines non pointues. Des études sur le HK.3 et d'autres variantes «flip» ont montré que l'acquisition de mutation L455F dans la protéine de pointe est associée à une transmissibilité virale accrue et à une capacité d'évasion immunitaire. Les mutations L455F et F456L sont surnommées »Retourner"Mutations car elles changent les positions de deux acides aminés, marqués F et L, sur la protéine de pointe.

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