Le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2), agent pathogène responsable de la pandémie de COVID-19, est un virus à ARN monocaténaire de polarité positive dont le génome mesure environ 30 kb. De nombreux variants du SARS-CoV-2, présentant des signatures mutationnelles distinctes, ont émergé au cours de la pandémie. Selon le profil mutationnel de leur protéine Spike, certains variants ont montré une transmissibilité, une infectiosité et une virulence accrues.

La lignée BA.2.86 du SARS-CoV-2, identifiée pour la première fois en août 2023, est phylogénétiquement distincte des lignées Omicron XBB actuellement en circulation, notamment EG.5.1 et HK.3. La lignée BA.2.86 présente plus de 30 mutations dans la protéine Spike, ce qui indique qu'elle est très apte à échapper à l'immunité préexistante contre le SARS-CoV-2.

Le variant JN.1 (BA.2.86.1.1) est le plus récent dérivé du SARS-CoV-2 issu de la lignée BA.2.86. Il présente une mutation caractéristique L455S dans la protéine Spike et trois autres mutations dans les protéines non-Spike. Des études portant sur le variant HK.3 et d'autres variants « FLip » ont montré que l'acquisition de la mutation L455F dans la protéine Spike est associée à une transmissibilité virale accrue et à une meilleure capacité d'échappement immunitaire. Les mutations L455F et F456L sont surnommées « FLip ».Retourner"des mutations car elles inversent la position de deux acides aminés, appelés F et L, sur la protéine Spike.

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