L'entérovirus humain 71 (EV71) appartient à la famille des Picornaviridae. Le génome est un ARN simple brin positif d’une longueur d’environ 7 400 nucléotides et d’un seul cadre de lecture ouvert. La polyprotéine codée contient environ 2 190 acides aminés. Cette polyprotéine peut être ensuite hydrolysée en protéines précurseurs P1, P2 et P3. La protéine précurseur P1 code pour les protéines structurales VP1, VP2, VP3 et VP4 ; P2 et P3 codent 7 protéines non structurales (2A~2C et 3A~3D). Dans ces 4 protéines structurelles, à l'exception de VP4 qui est intégrée à la face interne de la capside virale et étroitement liée au noyau, les 3 autres protéines structurelles sont toutes exposées à la surface des particules virales. Ainsi, les déterminants antigéniques sont essentiellement situés sur VP1~VP3.