Homa enteroviruso 71 (EV71) apartenas al la familio Picornaviridae. La genaro estas unu-fadena pozitive fadena RNA kun longo de ĉirkaŭ 7400 nukleotidoj kaj nur unu malferma legkadro. La ĉifrita poliproteino enhavas ĉirkaŭ 2190 aminoacidojn. Ĉi tiu poliproteino povas esti plue hidrolizita al antaŭproteinoj P1, P2 kaj P3. La antaŭproteino P1 kodas strukturajn proteinojn VP1, VP2, VP3 kaj VP4; P2 kaj P3 kodas 7 nestrukturajn proteinojn (2A~2C kaj 3A~3D). En ĉi tiuj 4 strukturaj proteinoj, krom VP4, kiu estas enigita en la interna flanko de la virusa kapsido kaj proksime ligita kun la kerno, la aliaj 3 strukturaj proteinoj estas ĉiuj eksponitaj sur la surfaco de la viruspartikloj. Tiel, antigenaj determinantoj estas baze lokitaj sur VP1~VP3.