Homa enteroviruso 71 (EV71) apartenas al la familio Picornaviridae. La genaro estas unu-fadena pozitiva senhelpa RNA kun longo de proksimume 7400 nukleotidoj kaj nur unu malferma legokadro. La ĉifrita poliproteino enhavas ĉirkaŭ 2190 aminoacidojn. Tiu poliproteino povas esti plue hidrolizita al P1, P2 kaj P3 antaŭproteinoj. P1 antaŭproteino kodas strukturajn proteinojn VP1, VP2, VP3 kaj VP4; P2 kaj P3 kodas 7 nestrukturajn proteinojn (2A~2C kaj 3A~3D). En ĉi tiuj 4 strukturaj proteinoj, krom VP4 kiu estas enigita en interna flanko de viruskapsido kaj proksime ligita kun kerno, aliaj 3 strukturaj proteinoj estas ĉiuj elmontritaj sur la surfaco de viruspartikloj. Tiel, antigenaj determinantoj estas baze situantaj sur VP1~VP3.