Homa Enterovirus 71 (EV71) apartenas al la familio Picornaviridae. La genomo estas unudirekta pozitiva RNA kun longo de ĉirkaŭ 7400 nukleotidoj kaj nur unu malferma legada kadro. La kodita poliproteino enhavas ĉirkaŭ 2190 aminoacidojn. Ĉi tiu poliproteino povas esti plu hidrolizita al proteinoj P1, P2 kaj P3 -pioniroj. P1 -pioniraj proteinaj kodoj strukturaj proteinoj VP1, VP2, VP3 kaj VP4; P2 kaj P3 -kodo 7 nestrukturaj proteinoj (2a ~ 2c kaj 3a ~ 3d). En ĉi tiuj 4 strukturaj proteinoj, krom VP4, kiu estas enigita en la internan flankon de viral -kapsido kaj proksime ligita kun kerno, aliaj 3 strukturaj proteinoj estas ĉiuj elmontritaj sur la surfaco de virusaj eroj. Tiel, antigenaj determinantoj estas esence lokitaj sur VP1 ~ VP3.