Das humane Enterovirus 71 (EV71) gehört zur Familie der Picornaviridae. Sein Genom ist eine einzelsträngige, positivsträngige RNA mit einer Länge von etwa 7400 Nukleotiden und nur einem offenen Leserahmen. Das kodierte Polyprotein besteht aus etwa 2190 Aminosäuren. Dieses Polyprotein kann weiter in die Vorläuferproteine ​​P1, P2 und P3 hydrolysiert werden. Das Vorläuferprotein P1 kodiert für die Strukturproteine ​​VP1, VP2, VP3 und VP4; P2 und P3 kodieren für sieben nichtstrukturelle Proteine ​​(2A–2C und 3A–3D). Von diesen vier Strukturproteinen sind – mit Ausnahme von VP4, das in die Innenseite des Viruskapsids eingebettet und eng mit dem Kern verbunden ist – die anderen drei auf der Oberfläche der Viruspartikel exponiert. Daher befinden sich die antigenen Determinanten hauptsächlich auf VP1–VP3.