Das humane Enterovirus 71 (EV71) gehört zur Familie der Picornaviridae. Das Genom ist eine einzelsträngige positivsträngige RNA mit einer Länge von etwa 7400 Nukleotiden und nur einem offenen Leserahmen. Das kodierte Polyprotein enthält etwa 2190 Aminosäuren. Dieses Polyprotein kann weiter zu den Vorläuferproteinen P1, P2 und P3 hydrolysiert werden. Das P1-Vorläuferprotein kodiert die Strukturproteine ​​VP1, VP2, VP3 und VP4; P2 und P3 kodieren 7 nichtstrukturelle Proteine ​​(2A~2C und 3A~3D). Bei diesen 4 Strukturproteinen sind außer VP4, das in die Innenseite des Viruskapsids eingebettet und eng mit dem Kern verbunden ist, alle anderen 3 Strukturproteine ​​auf der Oberfläche der Viruspartikel freigelegt. Antigene Determinanten befinden sich daher grundsätzlich auf VP1~VP3.