Das humane Enterovirus 71 (EV71) gehört zur Familie der Picornaviridae. Das Genom ist eine einzelsträngige Positiv-RNA mit einer Länge von etwa 7400 Nukleotiden und nur einem offenen Leserahmen. Das kodierte Polyprotein enthält etwa 2190 Aminosäuren. Dieses Polyprotein kann weiter zu den Vorläuferproteinen P1, P2 und P3 hydrolysiert werden. Das P1-Vorläuferprotein kodiert die Strukturproteine ​​VP1, VP2, VP3 und VP4; P2 und P3 kodieren 7 Nichtstrukturproteine ​​(2A–2C und 3A–3D). Von diesen 4 Strukturproteinen sind mit Ausnahme von VP4, das in die Innenseite der Viruskapsid eingebettet und eng mit dem Kern verbunden ist, die anderen 3 Strukturproteine ​​alle auf der Oberfläche der Viruspartikel exponiert. Somit befinden sich die antigenen Determinanten grundsätzlich auf VP1–VP3.