L'enterovirus humà 71 (EV71) pertany a la família Picornaviridae. El genoma és un ARN de cadena positiva d'una sola cadena amb una longitud d'uns 7400 nucleòtids i només un marc de lectura obert. La poliproteïna codificada conté uns 2190 aminoàcids. Aquesta poliproteïna es pot hidrolitzar encara més a proteïnes precursores P1, P2 i P3. La proteïna precursora P1 codifica les proteïnes estructurals VP1, VP2, VP3 i VP4; P2 i P3 codifiquen 7 proteïnes no estructurals (2A~2C i 3A~3D). En aquestes 4 proteïnes estructurals, excepte la VP4 que està incrustada a la cara interna de la càpsida viral i estretament lligada al nucli, altres 3 proteïnes estructurals estan totes exposades a la superfície de les partícules del virus. Així, els determinants antigènics es troben bàsicament a VP1 ~ VP3.