Human Enterovirus 71 (EV71) behoort tot die familie Picornaviridae. Die genoom is 'n enkelstrengs positiewe gestrand RNA met 'n lengte van ongeveer 7400 nukleotiede en slegs een oop leesraam. Die gekodeerde poliproteïen bevat ongeveer 2190 aminosure. Hierdie poliproteïen kan verder hidroliseer word tot P1-, P2- en P3 -voorloperproteïene. P1 Voorloperproteïenkodes Strukturele proteïene VP1, VP2, VP3 en VP4; P2 en P3 Kode 7 nie -strukturele proteïene (2A ~ 2C en 3A ~ 3D). In hierdie 4 strukturele proteïene, behalwe VP4 wat ingebed is in die binnekant van virale kapsied en nou gekoppel aan die kern, word ander 3 strukturele proteïene almal blootgestel op die oppervlak van virusdeeltjies. Dus is antigeniese determinante basies op VP1 ~ VP3 geleë.